NetBeans 8.2、MAMP 4.1（Apache、PHP 7.1、Xdebug 2.5.0）、CodeIgniter 4.0-devという組み合わせでの、ステップ実行のやり方です。

Xdebugの設定

ApacheのPHPでXdebugとリモートデバッグを有効に設定します。

--- php.ini.org 2016-12-16 02:04:54.000000000 +0900
+++ php.ini 2017-02-10 16:24:00.000000000 +0900
@@ -1161,4 +1161,5 @@
   opcache.enable_cli=1

 [xdebug]
-;zend_extension="/Applications/MAMP/bin/php/php7.1.0/lib/php/extensions/no-debug-non-zts-20151012/xdebug.so"
+zend_extension="/Applications/MAMP/bin/php/php7.1.0/lib/php/extensions/no-debug-non-zts-20160303/xdebug.so"
+xdebug.remote_enable=1

php.iniを変更したら、Apacheを再起動します。

phpinfo()を表示して、Xdebugが有効になっていることを確認します。

NetBeansでのプロジェクトの設定

プロジェクト名を右クリックし、プロジェクトの「実行構成」を設定します。

「詳細」ボタンを押して、「詳細Web構成」の設定をします。

これで設定が完了しました。

デバッグの実行

「プロジェクトをデバッグ」ボタンを押します。

「URLを指定」ウィンドウが開きますので、そのまま「OK」を押します。

ブラウザが自動的に立ち上がり、ソースコードの最初の行で実行が止まります。

右上のボタンを使うことで、ステップ実行を操作できます。